בייצור של אוגנים גדולים, ישנם גורמים רבים המשפיעים על הביצועים של אוגנים גדולים. להלן מספר גורמים נפוצים, הראשון הוא טמפרטורת החישול (טמפרטורת החישול היא פרמטר הטמפרטורה כאשר הפריימר והתבנית משולבים, כאשר 50% מהפריימרים הם הטמפרטורה שבה הרצף המשלים מתבטא כפול- מולקולת DNA תקועה היא גורם חשוב המשפיע על הספציפיות של ה-PCR בתנאים אידיאליים, טמפרטורת החישול נמוכה מספיק כדי להבטיח שהפריימרים יחולו ביעילות הרצף הרצוי, בעוד שהוא גבוה מספיק כדי להפחית את הקישור הבלתי ספציפי הוא מ-55 מעלות צלזיוס עד 70 מעלות צלזיוס. טמפרטורת החישול מוגדרת בדרך כלל ב-5 מעלות צלזיוס נמוכה יותר מה-Tm של הפריימר.

האם הטמפרטורה שצוינה הושגה. טמפרטורת החישול מגיעה לטמפרטורה הנדרשת. טיפול באוגן בקנה מידה גדול מתבצע בדרך כלל על ידי טיפול בחום בתמיסה מוצקה, המכונה בדרך כלל "חישול", וטווח הטמפרטורות הוא 1040 ~ 1120 מעלות צלזיוס (תקן יפני). ניתן לצפות גם דרך חור התצפית של תנור החישול. אביזרי האוגן הגדולים באזור החישול צריכים להיות במצב ליבון, אך אין ריכוך וצניחת.

לאחר מכן איטום גוף התנור (המעטפת החיצונית מרותכת בפלטת פלדה ובפלדת חתך, העגלה מרותכת על ידי פלדה וצלחת פלדה, העגלה עוברת את המגע הרך עם רירית התנור ומנגנון איטום החול להפחתת קרינת החום ואובדן הסעה, וביעילות להבטיח את איטום גוף התנור), יש לסגור ולבודד את תנור החישול מבחוץ אוויר; באמצעות מימן כגז המגן, רק יציאת פליטה אחת פתוחה (משמשת להצתת המימן שנפלט). ניתן ליישם את שיטת הבדיקה על הרווחים של המפרקים של תנור החישול עם מי סבון כדי לראות אם הגז פועל. המקום הקל ביותר להפעיל את הגז הוא המקום בו תנור החישול נכנס לצינור והמקום בו יוצא הצינור. טבעת האיטום במקום זה נוטה במיוחד ללבוש. בדוק תמיד לעתים קרובות כדי לשנות.

שנית, לחץ הגז המגן, על מנת למנוע התרחשות של מיקרו-דליפה, גז המגן של התנור צריך לשמור על לחץ חיובי מסוים, אם זה גז מגן מימן, בדרך כלל דורש יותר מ-20kBar. אווירת חישול: בדרך כלל, מימן טהור משמש כאטמוספרת חישול, וטוהר האטמוספירה הוא רצוי 99.99% או יותר. אם חלק אחר של האטמוספירה הוא גז אינרטי, הטוהר יכול להיות נמוך יותר, אך אסור לו להכיל יותר מדי חמצן או אדי מים.